В Академия-Сити, где наука и магия переплетаются, обычный школьник Тома Камидзё обладает необычной способностью – “Разрушителем иллюзий”, способным нейтрализовать любые сверхъестественные силы. Его жизнь кардинально меняется, когда он встречает Индекс, юную девушку, обладающую уникальной способностью хранить в своей памяти 103 000 запретных магических книг. Теперь Тома оказывается втянутым в опасный мир конфликтов между наукой и магией, где ему предстоит защитить Индекс и раскрыть тайны, способные изменить весь мир.